К началу XIX века традиция мартинизма развивалась в трех разных формах. Тайны Избранных Коэнов были почти забыты, огонь теургических таинств медленно угасал в руках нескольких лиц, которые не имели намерения или полномочий восстанавливать Орден. Исправленный Шотландский Устав Виллермоза продолжал сохранять доктрину о Реинтеграции в своих высших градусах, но количество его адептов было также невелико. Мистическая философия Сен-Мартена после его смерти распространялась через его книги, а посвящение, оставаясь осью духовной и теургической преемственности, распространялась по Европе среди немногочисленного круга лиц.

В конце века во Франции жили два «скромных студента оккультных наук» - будущие «Великие Мастера Прошлого» мартинизма. Это были доктор Жерар Анкосс и Пьер Огюстен Шабосо. Оба они имели посвящение, происходящее от линии Сен-Мартена: Анкосс получил сию линию от Анри Делаажа, а Шабосо – от Амели де Буас-Мортмарт. Во время дружеского ужина они распознали друг в друге обладателей степени S::: I::: и решили объединить свои линии, что стало основанием для создания в 1887 (по некоторым данным – в 1884) году «Ордена Мартинистов».

Жерар Анкосс, избравший себе мистическое имя «Папюс» стал первым Великим Мастером – Президентом Ордена Мартинистов. Жизненный путь этого человека был богат глубокими внутренними переменами и жизненными бедами, но Папюс ни на мгновение не прекращал своей работы по собственному духовному совершенствованию и посильному просвещению всех жаждущих сердец.

В юности Жерар Анкосс решил получить медицинское образование, но в скором времени разочаровался в материалистических концепциях и обратился к оккультным наукам. Понимая, что человек не может быть полностью исцелен посредством работы только лишь с материальным телом, он твердо уверовал в существование бессмертной души и со всем тщанием изучал христианский мистицизм и магическое искусство. В медицинской практике он полагался на техники магнетизма и гипнотизма, совмещая их с искренней молитвой и теургией. Он проводил алхимические опыты, совершал каббалистические операции, вел активную просветительскую деятельность.

Под его руководством выпускалось несколько журналов оккультно-мистического характера (например, журналы «Инициация» («L’Initiation») и «Завеса Исиды» («Le Voile d'Isis»)). Он также создал Независимую Группу Эзотерических Исследований, которая представляла собой учебное учреждение, где преподавалось несколько дисциплин оккультного характера, включая алхимию, астрологию, каббалу. Тем не менее Папюс не стремился профанировать эзотерические тайны, перекраивая их на современный лад (как это делали многие его современники), но давал каждому понять, что подлинные сокровища традиции Розы и Креста сохранены в инициатическом обществе – Ордене Мартинистов, и что здесь никогда не откажут искреннему искателю.

Вместе со Станисласом де Гуайтой и Жозефеном Пеладаном Папюс в 1888 году возглавлял Каббалистический Орден Розы Креста, который впоследствии стал внутренней структурой Ордена Мартинистов. Де Гуайта и Пеладан так же обладали линией Тулузского Ордена Розенкрейцеров.

Вместе с тем Папюс заполучил часть архивов, принадлежавших Ордену Избранных Коэнов. С тех пор он воспринимал Церемониальную магию исключительно как подготовительный раздел Теургии, имеющей своей целью восстановление первоначальных качеств и сил человека, а также общение с Духовными существами, которое необходимо для восхождения по пути индивидуальной Реинтеграции.

Но глубже всего Папюс постиг суть эзотерического пути, когда он повстречал Мэтра Филиппа Низье, известного во Франции целителя и провидца. Этот человек поистине обладал тайной магнетического исцеления человека. В нем Папюс нашел верного друга и наставника и обрел практическое понимание «Пути Сердца» Сен-Мартена.

Переводы, издание различных эзотерических книг и журналов, публичные лекции привлекали множество кандидатов к вступлению в Орден Мартинистов. Но началась Первая мировая война. Доктор Папюс, будучи верен медицинской клятве, отправился на фронт. При исполнении своих обязанностей он заразился туберкулезом и покинул сей мир 25 октября 1916 года.

Увы, после ухода первого Великого Мастера Ордена Мартинистов единство братства было нарушено. С избранием нового Президента Верховного Совета Шарля Детре (посвятительное имя - Teder) мартинизм стал активно сближаться с французским масонством. После смерти Детре (1918) возникла неопределенность между двумя кандидатами на пост Великого Мастера. Первый - Виктор Бланшар (Sar Yesir), активно работавший с Папюсом на ниве оккультно-мистического просвещения, и второй претендент - Жан Брико, видный масон и член многочисленных около-масонских обществ, обладали противоположными взглядами на то, каким образом должен быть организован Орден Мартинистов.

Детре и Брико более всего ценили свою принадлежность к масонскому ордену и хотели переплести систему масонских градусов и систему степеней мартинизма, утверждая необходимость принадлежности к масонству для вступления в ложу мартинистов. Однако это условие лишило бы мартинизм изначальной его независимости от масонской политики и возможности передавать все степени женщинам. Брико возглавлял масонский устав Мемфис-Мицраим и прилагал усилия к тому, чтобы заключить мартинизм внутри этого устава в качестве очередных «дополнительных градусов».

Однако Виктор Бланшар был сторонником совершенно противоположного подхода и отказывался от слияния мартинизма с масонством. Считается, что Шарль Детре оставил полномочия на управление Орденом Мартинистов именно Виктору Бланшару. Но это решение активно оспаривал Брико. Таким образом, Орден претерпел крупнейший раскол. Бланшар, возглавив тех членов Ордена, которые были не согласны с про-масонскими реформами, выделился в отдельную независимую мартинистскую ветвь, которая будет названа «Мартинистским и Синархическим Орденом» (OM&S). Его линии активно развивались во всем мире и часть из них собрана в Древнем Ордене Мартинистов-Мартинезистов.

Немногочисленная часть лож Ордена, пожелавших следовать за Брико (в основном это были масоны) образовали «Лионский Орден Мартинистов» (OML). Эта ветвь активно развивалась во Франции, но Вторая Мировая Война почти целиком свела на нет ее деятельность. Впоследствии эта линия будет включена в восстановленный Робером Амбеленом и Филиппом Анкоссом (сыном Жерара Анкосса) в 1960-х годах Орден Мартинистов Папюса (OMdP).

Случившееся после смерти Папюса разделение сильно взволновало Огюстена Шабосо, со-основателя Ордена Мартинистов. В 1931 году он объявил о создании «Традиционного Мартинистского Ордена» (ТМО), который впоследствии был полностью поглощен американским «Древним Мистическим Орденом Розы и Креста» (AMORC), где и пребывает доныне как внутренняя структура.

Более подробно изучить историю развития линий мартинистских организаций от Папюса до наших дней можно, обратившись к трудам Милко Богаарта и Жерара Галтье.